انتشار اظهارات شجوني در مورد بيت حضرت امام(ره) و فعاليت هاي موسسه تنظيم و نشر آثار امام (ره) که مستقيما زير نظر سيد حسن خميني اداره مي شود، با واکنش نوه  امام(ره)، مواجه شد.

 به گزارش انتخاب، بيان  اظهاراتي چون "شجوني سن و سال زيادي دارد و ديگر حرجي به او نيست" پيش از آغاز جلسه  درس "کفايه" از سوي برخي شاگردان، باعث ناخرسندي نوه امام (ره) شد به طوري که به روايت برخي شاگردان، "سيد حسن خميني چهره در هم کشيد. پس از بيان برخي نظرات از سوي شاگردان در نقد شخصيت شجوني، سيد حسن خميني با جديت اعلام کرد: اينکه امروز کسي به ما انتقاد داشته باشد يا از ما خوشش نيايد نبايد موجب بشود ما گذشته ايشان و ارزشهاي گذشته شان را فراموش کنيم يا نا ديده بگيريم . نوه امام (ره) در مورد شجوني افزود: ايشان قبل از انقلاب زماني که بردن نام امام خميني چوب خوردن داشت از زمره مبارزان بودند و سابقه بسيار روشني در آن زمان دارند و اين يک ارزش است که نبايد نا ديده گرفته شود.

در اين لحظه، يکي ديگر از شاگردان خطاب به سيد حسن خميني گفت: اما استاد امروز با استفاده از قانون «ملاک حال فعلي افراد است» همين ارزش را براي ديگران منکر مي شوند. حجت الاسلام والمسلمين سيد حسن خميني پاسخ داد: ما که قرار نيست همان کار را بکنيم به هر حال نبايد چنين ارزشهايي را ناديده گرفت بايد حواسمان باشد